La fonction la plus évidente du tube digestif est la digestion des aliments et l’absorption des nutriments.
Or, la surface du tube digestif est l’une des plus grandes interfaces entre l’environnement et le milieu interne de l’organisme. L’intestin est donc non seulement responsable de la digestion et de l’absorption des nutriments, mais il joue également un rôle essentiel en tant que barrière intestinale, première ligne de défense contre les bactéries potentiellement nocives, les toxines et les allergènes d’origine alimentaire (Barbara et al. 2021, Jergens et al. 2021).
Le tissu lymphoïde associé à l’intestin (GALT) constitue environ 70 % du système immunitaire de l’organisme. Il existe une interaction étroite entre la barrière intestinale, le microbiote intestinal et la réponse immunitaire. Une perturbation de cette interaction peut entraîner des maladies intestinales, mais aussi systémiques.
Lorsque les animaux ont un microbiote sain et équilibré, celui-ci forme une communauté stable qui résiste à l'invasion de bactéries étrangères ou pathogènes.
Bien qu’il fût un temps où les micro-organismes étaient surtout considérés comme des organismes nuisibles et pathogènes, on sait aujourd’hui que les micro-organismes intestinaux jouent un rôle crucial dans la santé de l’hôte.
Des milliers d’années de coévolution ont abouti à une symbiose entre le microbiote et l’hôte qui procure des avantages mutuels. L’hôte fournit au microbiote une alimentation et un environnement dans lequel il peut vivre. En retour, le microbiote fournit à l’hôte des enzymes qu’il ne possède pas lui-même, ce qui lui permet de favoriser :
- la fonction digestive,
- le métabolisme des nutriments et des médicaments,
- la régulation du système immunitaire,
- la protection contre les bactéries pathogènes,
- et le maintien de la barrière intestinale.
Un avantage bien connu du microbiote intestinal est qu'il peut fermenter les fibres dites fermentescibles (comme la pulpe de betterave, les FOS, la pectine) et produire des acides gras à chaîne courte (AGCC ; butyrate, acétate et proprionate), qui peuvent être utilisés comme source d'énergie par les colonocytes (cellules intestinales) du chien et du chat. Des études ont montré que les AGCC sont également importants pour le maintien de la barrière intestinale et la réponse immunitaire.